laporan isolasi DNA buah

A.  Tujuan

Adapun tujuan dari praktikum ini adalah untuk mengetahui DNA buah berdaging lunak.

B. Dasar Teori

Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Deoxyribo nucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo, 2004).

Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa “lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia (Chambell, 2002).

Ketika mendengar kata DNA, seolah kita berhadapan dengan sesuatu yang begitu abstrak dan sangat kecil. Apalagi jika berbicara tentang isolasi DNA, sering terpikirkan sebuah proses yang sangat rumit dengan alat-alat yang sangat canggih. Padahal tidak selamanya isolasi DNA demikian, beberapa teknik isolasi DNA sederhana terbukti efektif untuk mengisolasi DNA, bahkan selain prosedurnya yang sederhana, bahan-bahan yang dipakaipun mudah didapatkan dari lingkungan sekitar. DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas. (Arhan, 2009).

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa ”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia (Istianti, 1999).

menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit (Achmad, 2010).

C. Metode Praktikum

1.    Waktu dan Tempat

       Adapun waktu dan tempat pelaksanaan praktikum ini adalah :

Hari/Tanggal      : Senin , 18 November 2013

Pukul                 : 08.00 – 10.00 WITA

Tempat               : Laboratorium Genetika Lantai II

                            Fakultas Sains dan Teknologi

                            Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar

                            Samata-Gowa.

2.    Alat dan Bahan

a.    Alat

       Adapun alat yang digunakan pada praktikum ini adalah gelas kimia, lumping, mortal, corong, gelas ukur, tabung reaksi, pisau dan batang pengaduk.

b.    Bahan

       Adapun bahan yang digunakan adalah buah pisang, buah semangka, buah mangga, etanol absolut, deterjen, NaCl, kapas dan kain saring.

3.    Cara Kerja

       Adapun cara kerja yang dilakukan pada praktikum ini adalah sebagai berikut :

a.    Mengupas buah dan memotong menjadi 4 bagian lalu melumat buah menggunakan mortal dan lumpang.

b.    Menambahkan 10 gram NaCl kedalam gelas kimia

c.    Menambahkan cairan deterjen sebanyak 10 ml

d.   Menambahkan 50 ml aquadest kedalam gelas kimia tadi dan mengaduk secara perlahan hingga homogen

e.    Menyaring buah tadi kedalam gelas kimia baru

f.     Menuang buah yang telah disaring kedalam tabung reaksi sekitar seperempat tabung reaksi.

g.    Menambhakan etanol absolut dingin dengan cara mengalirkan melalui dinding tabung reaksi secara perlahan

h.    Mengamati perubahan yang terjadi.

D. Hasil dan Pembahasan

1.    Hasil Pengamatan

       Adapun hasil yang diperoleh dari pengamatan yang dilakukan adalah :

a.    Buah Pisang

                                                                             Keterangan:

1.   Ekstrak DNA

2.   Etanol

3.   Sari buah

b.    Buah Mangga

                                                                                            Keterangan :

1.   Ekstrak DNA

2.   Etanol

3.   Sari buah

c.    Buah Semangka

                                                                               Keterangan :

1.   Ekstrak DNA

2.   Etanol

3.   Sari buah

2.      Pembahasan

Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai macam sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan. Upaya untuk mengeluarkan DNA dari sel dilakukan dengan merusak dinding dan membran sel dan juga membran inti. Cara yang digunakan untuk merusak membran-membran tersebut sangat beraneka ragam, misalnya dengan pemblenderan atau penggerusan dengan mortal dan pistil. Selain perusakan secara fisik, membran dan dinding sel dapat pula dirusak dengan menggunakan senyawa-senyawa kimia. Perusakan dinding sel dan membran sel pada praktikum isolasi DNA kali ini dilakukan dengan cara penggerusan. DNA yang didapatkan dalam pengamatan kali ini adalah DNA yang berupa benang-benang halus.

Pengisolasian DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortal dan pastle. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen, penambahan sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA.

Berdasarkan pengamatan yang dilakukan dimana bahan-bahan yang digunakan dihancurkan. Proses penghancuran dilakukan untuk merusak membran sel, dinding sel dan membran inti sehingga DNA bisa keluar dari sel dan masuk ke larutan.  Selanjutnya dimasukkan NaCl (garam dapur) sebanyak 3 gram ke dalam buah tersebut yang telah dihancurkan sebelumnya. NaCl yang diberikan berfungsi sebagai bahan penetral pada gula fosfat DNA, menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi ke dalam larutan yang kemudian tersaring pada proses penyaringan, serta berperan sebagai “lysing buffer”, yakni menjaga pH larutan agar tetap konstan, sehingga diharapkan tidak terjadi denaturasi DNA. Kemudian ditambahkan deterjen cair, proses pemberian deterjen cair ini disebut dengan proses lisis yaitu proses untuk meluruhkan membran sel pada nukleus. Tujuan diberikannya deterjen cair yaitu untuk merusak membran sel dan membran inti sehingga DNA yang diinginkan dapat dikeluarkan dari dalam sel, untuk mengurangi kontaminan dan mengurangi browning.

Setelah dilakukan proses penghancuran dan lisis, maka larutannya ditambahkan air dan dihomogenkan serta didiamkan. Pada saat pengadukan harus pelan-pelan karena deterjen mudah sekali berbusa. Busa yang ditimbulkan oleh deterjen akan mengganggu pengamatan, karena DNA yang berhasil diisolasi nampak tipis, dan dapat dipastikan lapisan DNA tersebut akan tertutupi jika terdapat banyak buih. Setelah itu larutan tersebut disaring ke gelas kimia baru, adanya proses penyaringan dilakukan agar komponen sel selain DNA tidak mengkontaminasi DNA yang hendak diisolasi. Lalu dituang ke tabung reaksi dan diberikan larutan etanol dingin dengan tujuan untuk memperitifikasi DNA. Ethanol yang dingin akan mempercepat proses tersebut.

E. Kesimpulan

Adapun kesimpulan dari praktikum ini yaitu isolasi DNA merupakan metode untuk memisahkan DNA dari sel, baik dari inti, mitokondria maupun kloroplas. Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan merusak dinding dan membran sel dan juga membran inti. Perusakan ini dapat dilakukan dengan pemblenderan, penggerusan atau yang lainnya.  DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan larutan deterjen, etanol serta garam untuk membantu presipitasi DNA.

.

Daftar Pustaka

Arhan“Isolasi DNA”, Blog Arhan, http://endikdenibiotransmitther.blogspot.com.

(20 November 2013).

Achmad, Wendy. Isolasi DNA. Bandung 2010.

Istanti,  Biologi Sel. Malang: jurusan Biologi FMIPA UM. 1999.

Neil, Campbell. Biologi. Jakarta : Erlangga. 2002.

Suryo. Genetika Strata 1. Yogyakarta : UGM Press. 2004.